蛋白質傳統的研究方法主要有：基于蛋白質分離方面的雙向凝膠電泳，其缺點是對于極酸、極堿性蛋白質、疏水性蛋白質、極大蛋白質、極小蛋白質和低豐度蛋白質不適用，膠內酶解過程費時、費力，難于與質譜實現自動化；用于蛋白質鑒定的技術有氨基酸組成分析，其缺點主要是蛋白質水解條件多樣，同時進行則水解不完全和不均勻）；用于蛋白質相互作用以及作用方式研究有酵母雙雜交系統，其缺點是其智能檢測細胞核內的蛋白質相互作用，由于某些蛋白質具有激活轉錄功能造成假陽性，融合蛋白質會影響對蛋白質的真是結構和功能的檢測，假陰性不利于核外蛋白質的研究；
蛋白高通量測序技術主要基于色譜分離技術和生物質譜以及生物信息學方法的與傳統的分子生物學方法相比較，其具有高通量、高精度、高靈敏，能為亞微克級試樣提供信息，適用于復雜體系中痕量物質的鑒定或結構測定，同時具有準確性、易操作性、快速性及很好的普適性。
蛋白高通量測序技術主要的研究應用：蛋白質表達譜，可以得到不同因素對蛋白差異表達的情況（污染物在表達水平對機體的影響）；轉錄因子，可以得到控制某基因轉錄的調控機理和調控蛋白（污染物通過影響敏感的蛋白質而對轉錄水平的影響）；蛋白質相互作用圖網，可以得到某環境因子對一種蛋白質的影響后導致其他蛋白的影響（污染物通過影響敏感的蛋白質而引起的相關蛋白質的一系列問題）。
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